2010年10月11日起，本中心从城区学院路178号旧址迁往南城车站路33号新址办公。东莞市疾病预防控制中心新址、东莞市人民医院新院、东莞市新涌医院新院、东莞市妇幼保健院新院和东莞市中医院新院建设合称为“四院一中心”工程，是市委、市政府为完善我市医疗卫生体系、提高全市医疗卫生水平、造福东莞人民的一项民生工程，是2009年市政府“十件实事”和市重点工程项目之一。新址工程总投资1.98亿元，总建筑面积30961平方米，由业务综合楼、理化实验楼、微生物实验楼、动物实验楼、预防保健楼、后勤保障楼组成，定位为集信息化、智能化、实用性、学术性、科研性于一体的“国内先进、省内一流”的地市级现代化疾病预防控制中心。 
　　本中心是东莞市疾病预防控制、卫生检验的公益性机构，在东莞市卫生局的直接领导下，组织实施市卫生行政部门制定的疾病控制计划，负责疾病、媒介生物的调研监测、预测、预报；对重大疫情、传染病暴发流行组织调查，制定控制的对策和措施；负责疾病预防和控制信息的收集、统计分析、综合评价、疫情报告；实施计划免疫接种计划，开展疾病防治工作；负责卫生工程设计监测及卫生工程、相关产品卫生学评价；承担突发事件、违法案件的现场卫生学调查和采样；开展疾病预防指导及卫生技术培训；承担卫生行政部门、卫生监督机构和有关单位委托的专项抽检和产品检验任务，并指导各镇街医院防疫科（组）的业务工作。 
　　在突发公共卫生事件应对方面，本中心负责实施《突发公共卫生事件应急条例》规定的任务；参与制订全市突发公共卫生事件应急预案；制订突发公共卫生事件应急处置技术方案；对全市突发公共卫生事件的应急物质储备提供技术支持和指导；组建突发公共卫生事件应急处置专业队伍，对相关人员进行培训和应急演练，开展公众突发公共卫生事件应急知识教育；建立公共卫生信息网络，组织实施疫情直报，及时收集分析相关事件信息，定期编写全市疫情月报、季报及年报；实施监测方案，开展预警预测，编写预警报告；组织开展对突发事件的初步认定，对突发事件的发展做好跟踪和预警报告；组织开展或协调突发公共卫生事件的调查处理；对突发公共卫生事件的危害性和应急处置的及时性和有效性进行评估；承办交办的其他任务。 
　　中心现有在编人员161人，聘用工39人。其中：获得高级专业技术资格30人，中级专业技术资格75人，初级专业技术资格41人；博士1人，硕士33人，本科107人。多人担任省、市级有关技术或学术专业委员会长、秘书长、委员、理事等。1999年以来获得市以上科技成果奖8项，技术转让、产品开发1项，在省级以上刊物发表论文260多篇。 
　　中心实验室用房达12000平方米，分设有理化实验楼、微生物实验楼、毒理实验楼。拥有百级和千级洁净实验室，千级洁净仪器室，HIV抗体筛查中心实验室，HIV抗体确证实验室，分子生物学实验室，SPF级动物实验室等专用实验室；拥有电感耦合等离子光谱仪、液质联用仪、气质联用仪、离质联用仪、气相色谱仪、液相色谱仪、离子色谱仪、原子吸收光谱仪、原子荧光光度计、全自动电位滴定仪、全自动水质分析仪、全自动荧光免疫分析系统、全自动微生物分析系统、基因分析仪、全自动蛋白印迹仪、数码荧光生物显微镜、DNA扩增仪、恒温恒湿培养间、高速冷冻离心机等一大批先进仪器设备，万元以上仪器设备原值7000多万元。具有承担食品、水质、公共场所、职业卫生、消毒监测、消毒产品、疾病控制、免疫规划、学校卫生等700多个参数的卫生检测能力。 
　　中心按照“科学、公正、准确、优质”的质量方针以及ISO/IEC17025《检测和校准实验室能力的通用要求》、《实验室资质认定评审准则》和其他有关要求，结合本中心的实际情况，建立了严格的管理体系并确保体系有效运行。已获得中国合格评定国家认可委员会实验室认可、广东省计量认证、食品检验机构资质认定、广东省职业卫生技术服务、职业健康检查机构、广东省职业病诊断机构、广东省放射卫生技术服务机构、艾滋病检测确证实验室和广东省公共场所卫生检验检测、评价机构等资质。